大家好，我是新手，所以我的问题要是有不对的地方敬请谅解！
是这样的，我的研究材料是一种植物，试验要求对它有个特殊的处理，然后找出处理前后二者之间成分的差异，所以我用不同溶剂同时对两种材料的粗提物进行了萃取，比如说其中的氯仿层，我要找出处理前后两者在氯仿层是否存在差异物质，想采用LC-MS来分析差异性（能找出具体差异的物质结构和含量的变化），我就是想请教您在不知道具体氯仿层具体含有哪些成分的前提下，怎么去建立LC-MS的分析方法才能最真实、全面的反应目标材料的成分，像我这种，要用哪种电离方式的质谱会比较好呢。
另外我的主要目的是找出材料在处理前后之间的成分差异，要是在液相上分离的效果不好（有很多很明显的峰叠在一起），而恰巧差异是在这个保留时间段，该如何处理这种情况。如果顺利的在图谱上找出差异物质的存在，那可不可以利用液质把差异物质制备出来，因为下一步我想知道差异物质是否有药效作用。
你萃取后的差异物不就是萃取后剩下的水层吗，你何必弄的这么复杂。直接用不同溶剂萃取，都做活性，不就能对比了吗，选择活性最好的做液质定性，很传统的方法
，我可能有个地方没有说清楚，其实在做定性之前，我是做过活性的，就是说用不同溶剂萃取（处理前后植物提取物的两个乙酸乙酯层、氯仿层、正丁醇层） 将各个萃取层的两个不同材料来源做活性比较，如果那一层的活性比较有差异的话，我就做下一步的液质定性，如果二者没有活性差异的话，就不做了。
我问的就是如果氯仿层有活性差异，我改如何针对氯仿层来做液质定性，简而言之就是想知道氯仿层有哪些物质。
那你就得查阅你这个植物的相关化学成分文献，选择一个合适的条件做液质。如果在液相上分离不好作出来的液质是没有意义的，只能将条件摸好点，让指纹图谱上的化合物都分开。现在的液相分离能力已经很先进了，作出一个好的指纹图谱估计问题不大
因为没有经过过多的分离萃取步骤，只是将水提物直接用指定溶剂萃取，而且文献也不好查的，我可不可以就针对未知物质溶于氯仿层（生物碱）或乙酸乙酯层（酚类）这一性质来建立条件呢？要是这样可以的话，那是不是可能会导致未知的活性成分分离不出来呢？
首先，貌似你不知道有机溶剂提取液中有哪些物质，LC-MS做定量和结构鉴定的条件是你在已知是哪些物质的前提下可以做。如果峰分离好的话就可以用制备液相来分离纯化物质，制备液相收集的物质必须达到mg级才可以做结构鉴定，纯度大于90%，才能来做结构鉴定，建议你做下NMR，或者NMR-LC-MS。呵呵，价格不会很便宜的。液相分离不好，是要进行条件摸索的，比如改变流动相比例，在流动相中添加其他试剂改变酸碱度，再就是柱子的长短、型号，流动相的流速等，需要花时间摸索。
先把氯仿粗提物用柱子先分成几个馏分，再上液质摸索条件力争把峰都分开。感觉粗提物直接上不太可靠，峰太多了。
赞成七楼的看法。你先把氯仿层过柱子，分成几部分收集流液，点板合瓶相似成分，最后把这几部分（每部分TLC大概四五个点）进液相摸索条件，条件摸索好后再用这个条件做液质。
液相摸索条件：⑴参考相关文献，⑵自己尝试，要求成分全出来，分离度高，峰形好等
是这样的，我的研究材料是一种植物，试验要求对它有个特殊的处理，然后找出处理前后二者之间成分的差异，所以我用不同溶剂同时对两种材料的粗提物进行了萃取，比如说其中的氯仿层，我要找出处理前后两者在氯仿层是否存在差异物质，想采用LC-MS来分析差异性（能找出具体差异的物质结构和含量的变化），我就是想请教您在不知道具体氯仿层具体含有哪些成分的前提下，怎么去建立LC-MS的分析方法才能最真实、全面的反应目标材料的成分，像我这种，要用哪种电离方式的质谱会比较好呢。
另外我的主要目的是找出材料在处理前后之间的成分差异，要是在液相上分离的效果不好（有很多很明显的峰叠在一起），而恰巧差异是在这个保留时间段，该如何处理这种情况。如果顺利的在图谱上找出差异物质的存在，那可不可以利用液质把差异物质制备出来，因为下一步我想知道差异物质是否有药效作用。
你萃取后的差异物不就是萃取后剩下的水层吗，你何必弄的这么复杂。直接用不同溶剂萃取，都做活性，不就能对比了吗，选择活性最好的做液质定性，很传统的方法
，我可能有个地方没有说清楚，其实在做定性之前，我是做过活性的，就是说用不同溶剂萃取（处理前后植物提取物的两个乙酸乙酯层、氯仿层、正丁醇层） 将各个萃取层的两个不同材料来源做活性比较，如果那一层的活性比较有差异的话，我就做下一步的液质定性，如果二者没有活性差异的话，就不做了。
我问的就是如果氯仿层有活性差异，我改如何针对氯仿层来做液质定性，简而言之就是想知道氯仿层有哪些物质。
那你就得查阅你这个植物的相关化学成分文献，选择一个合适的条件做液质。如果在液相上分离不好作出来的液质是没有意义的，只能将条件摸好点，让指纹图谱上的化合物都分开。现在的液相分离能力已经很先进了，作出一个好的指纹图谱估计问题不大
因为没有经过过多的分离萃取步骤，只是将水提物直接用指定溶剂萃取，而且文献也不好查的，我可不可以就针对未知物质溶于氯仿层（生物碱）或乙酸乙酯层（酚类）这一性质来建立条件呢？要是这样可以的话，那是不是可能会导致未知的活性成分分离不出来呢？
首先，貌似你不知道有机溶剂提取液中有哪些物质，LC-MS做定量和结构鉴定的条件是你在已知是哪些物质的前提下可以做。如果峰分离好的话就可以用制备液相来分离纯化物质，制备液相收集的物质必须达到mg级才可以做结构鉴定，纯度大于90%，才能来做结构鉴定，建议你做下NMR，或者NMR-LC-MS。呵呵，价格不会很便宜的。液相分离不好，是要进行条件摸索的，比如改变流动相比例，在流动相中添加其他试剂改变酸碱度，再就是柱子的长短、型号，流动相的流速等，需要花时间摸索。
先把氯仿粗提物用柱子先分成几个馏分，再上液质摸索条件力争把峰都分开。感觉粗提物直接上不太可靠，峰太多了。
赞成七楼的看法。你先把氯仿层过柱子，分成几部分收集流液，点板合瓶相似成分，最后把这几部分（每部分TLC大概四五个点）进液相摸索条件，条件摸索好后再用这个条件做液质。
液相摸索条件：⑴参考相关文献，⑵自己尝试，要求成分全出来，分离度高，峰形好等