我的工作是关于与蛋白结合的多肽的，请问，在autodock3.0下，是否可以利用随机多肽库来筛选与蛋白特定box结合最强的多肽呢？
我曾咨询过同学，他说autodock筛选，是需要把候选小分子一一进行预处理，然后再提交，但这样的话，即使3肽库都有8000个不同分子，不大可能手工一一进行预处理，是否能有软件能进行批量处理，或者有预处理好的库呢？。
好像autodock4可以用于大规模的虚拟筛选了，我正在研究。
这样啊，可惜超算中心只有3，如果要用4的话，要重新找作者申请，然后还要到超算中心去安装，还是有点繁琐了……
用open PBS可以实现，无论是AutoDock3 还是AutoDock4

可以换用其他批量对接软件
可以使用glide，它有high-throughput virtual screening功能，可以建立库文件，如：100lig.mae，然后进行筛选，速度比较快，并给出score。
可以使用glide，它有high-throughput virtual screening功能，可以建立库文件，如：100lig.mae，然后进行筛选，速度比较快，并给出score。
我有编译好的 批处理的 脚本 auotdock3的 ，不知道能不能帮上你， 我也只是刚开始学习用而已