本人在做实验室合成的一类化合物的qsar

我先用sketch模块画结构，然后通过电荷最小化优化结构
建立分子表

接着align database，骨架叠合

输入PIC50，计算comfa，用过多种探针及步长

计算PLS得的r^2最大也就0.5多

应该算可以了

输出图像，感觉怪怪的

然后optimize qsar，修饰出一系列的化合物，但都很奇怪，有些有很长的烃基链

请问叠合那里柔性叠合是怎么样的
还有分子优化后是不是还缺了构象确定

望指教