最近在药物设计中遇到了些问题,请高手指点!
我想把先导化合物中的一部分进行改造. 要求:全新,空间立体结构,疏水性以及与靶标的H键作用相似. 请高手给予一些思路.

结构如下:

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如果你认为空间立体结构,疏水性以及与靶标的H键作用都很关键，那你是找错改造的结构片断了。如果你觉得这个片断还可继续优化，那有些结构特征应该是不太重要的。如果有 SAR信息的话，最容易设计。其次应知道靶点喜欢疏水（大多数druggable靶点）还是亲水分子，和其他已知配体比你的分子的相对大小，疏水/亲水程度，复杂性是太大还是太小。最简单的是用其他杂环代替吡啶。如果环状脲是必须的，不太容易改造。可考虑碳酰胺（carbamate），胍基等。如果此结构特征不十分关键可考虑开环脲，酰胺，磺酰胺，甚至吡啶氨基等更大的变化。

没有对靶点，已知相关配体，SAR，整个分子结构的系统分析，几乎不可能有效设计合理的化合物。
感谢SBC 的热情讲解. 化合物主要有三个片段. 其他两个SAR信息比较全面.我们也进行了相应的改造, 这个片段可以给出的信息只是末段疏水性的,而且吡啶环上的N是H键的受体. 对于环脲结构并没有可以借鉴的SAR信息. 但是现在存在一个问题是:如果你想要避开他的专利,就要从这个结构着手.