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如何用hyperchem进行多个分子的叠加

时间: 2008-09-22 00:43:56 作者: 来源: 字号:
如何用hyperchem进行多个分子的叠加?我只能令两个分子叠加,但是超过两个就不行了,用过的战友,请帮帮忙,指导一下!
难道没有战友用过,请求会的战友帮帮忙!
这个我确实没有用过。多个分子的叠合用flexs或者openeye公司的rocs都可以。

如何用hyperchem进行多个分子的叠加?我只能令两个分子叠加,但是超过两个就不行了,用过的战友,请帮帮忙,指导一下!

不能全部叠合吗?
保存后就可以做SoMFA,是什么意思?能否详细说一说!
在SoMFA里,不叠合,把分子的cssr文件和活性输入SoMFA中,也可以得到结果吧?
SoMFA是怎样通过叠合情况来建立模型的?
“保存后就可以做SoMFA,是什么意思?能否详细说一说!”
我晕……
你用hyperchem叠合分子,不就是为了下一步做SoMFA吗?再说具体一点:叠合完分子之后,保存(把原来的分子替换掉),然后用Fileconvert将CSSR文件转化成.TF2(是不是这个扩展名?快四年没用过SoMFA了,记不太清了),把TF2文件和活性输入,就能得到QSAR模型。

“在SoMFA里,不叠合,把分子的cssr文件和活性输入SoMFA中,也可以得到结果吧?”
CSSR文件SoMFA大概不认吧。
不叠合,肯定是能得到结果不错,但结果肯定是没有意义。

“SoMFA是怎样通过叠合情况来建立模型的?”
SoMFA的思路与CoMFA基本一样。
您!不过我还是有点糊涂!
1,“所有分子都一一跟你的模版分子叠加”,具体怎样操作?我把模板与第一个分子叠加后,两个分子已经叠合在一起,我没有办法在模板上选择叠合的位点,再与第二个分子叠合。因为选不了叠合点,所以就不能继续叠合了。

2,叠合完后保存?可以把这个叠合的分子集保存起来吗?hyperchem是不能保存为cssr格式文件的,还要通过其他软件转换。然后再转为TF2。到了SoMFA,还是一个个TF2文件输入(每个文件都是独立输入的),活性输入,这样好像跟叠合完全没有关系啊?就算不叠合,还不是把每个分子和活性输入。而sybyl是将叠合的分子集直接调入分子活性列表,这样明显可以看出叠合会影响结果。

!再请您指教一下!

您!不过我还是有点糊涂!
1,“所有分子都一一跟你的模版分子叠加”,具体怎样操作?我把模板与第一个分子叠加后,两个分子已经叠合在一起,我没有办法在模板上选择叠合的位点,再与第二个分子叠合。因为选不了叠合点,所以就不能继续叠合了。

我看了一篇somfa文章,里面有个叠合图,于是我就问作者是不是用hyperchem叠合的,作者回答是。我就一直以为hyperchem可以完全叠合,听你解释了之后,我终于明白hyperchem是不能全部叠合,只能通过叠合,逐个改变其他分子的坐标的。终于明白了,真的感谢你。

我们学校买了sybyl,我想做个sybyl与SoMAFA的比较研究。你以前做过somfa,请问有没有发表过文章,如果有可否让我学习一下。有问题还可以向您请教!
以前用SoMFA只是做着玩。后来有了Sybyl,就再也没兴趣用它了。

有位战友前段时间在坛子上发了篇文章,供你参考。

liminyong.rar (223.86k)
,我用sybyl时间不长,将来有问题还得向大哥你指教!
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