大家好！目前我正在用Autodock，一位师兄告诉我说，Autodock只能，确定结合方式，而不能用于虚拟筛选，因为Autodock比较慢，一次只能接一个分子，我想请教大家的是：
（1） Autodock到底能不能筛选出可能活性高的分子呢？
（2）这个过程如果可以实现，到底应该怎么做呢？我每次只能对接一个分子，能和一个几十个分子的库同时对接吗？
大家！
写个脚本交个批处理，几十个分子不算多，参数不要设太大，算一个分子按半小时算，几十个分子有一两天肯定算完了。autodock的打分还是不错的。
楼上的朋友您好！我要实现几十个分子库的对接，这个批处理的脚本该怎么写呢？具体的参数设置要注意什么问题呢？
敬盼大家的回复！
autodock是可以用于虚拟筛选的，已经有文献发表。
不过进行虚拟筛选时，与其他分子对接软件不同，autodock需要配体的文件格式为pdbq。
nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子，可以直接用于autodock的对接。并且，nci-3d有相应的批处理程序。
我想你可以参考他们的批量转化方法。
在autodock 运行中，最占时间的是格点（grid）参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一个课题组发表了两篇文章，主要是以P450酶为靶点，对autodock的源代码进行修改，使不同原子类型的格点参数计算一次完成，然后，不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。
在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一个韩国课题组发表文章，利用autodock进行虚拟筛选，文章没有对格点计算方法进行详述，不过据我推想，他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。
jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时，他们还通过修改源代码，实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中（在原代码中，只能考虑水分子的氢键供体作用）。
上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本，通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能，这可能会使虚拟筛选时间大大延长。
在论他中曾经有他们写的这个脚本。
两篇jmc文章下载链接：
由于涉及到版权，修改的源代码最好亲自和作者要。
在两篇jmc中都有他们的email。
autodock需要配体的文件格式为pdbq
楼上的，NCI 3D 数据库是pdbq格式的，你可以直接拿来使用。
其实，pdbq是pdb格式的延伸，通过软件可以从mol2批量转化，把数据库中的mol2分子全部转化为pdbq格式。
在autodock中使用的是deftors命令，可以写一个脚本，在shell下用deftors对小分子批量处理。
比如下面的脚本，是上海药物所编写的：
#!/bin/sh
receptor=receptor.mol2
rec=${receptor%.mol2}
mol2topdbqs $receptor
for ligand in `cat mol2.list`
do
lig=${ligand%.mol2}
deftors $ligand <<EOF
1
c
c
EOF
#if(-z ${lig}.pdbq) then
# deftors $ligand <<EOF
# a
# 1
# c
# c
# EOF
#endif
#vi ${lig}.pdbq <<EOF
#:%s/ Br/ b /g
#:%s/ Cl/ c /g
#wq
#EOF
modhalogen ${lig%.mol2}.pdbq > temp_pdbq
mv temp_pdbq ${lig%.mol2}.pdbq
（1） Autodock到底能不能筛选出可能活性高的分子呢？
（2）这个过程如果可以实现，到底应该怎么做呢？我每次只能对接一个分子，能和一个几十个分子的库同时对接吗？
大家！
写个脚本交个批处理，几十个分子不算多，参数不要设太大，算一个分子按半小时算，几十个分子有一两天肯定算完了。autodock的打分还是不错的。
楼上的朋友您好！我要实现几十个分子库的对接，这个批处理的脚本该怎么写呢？具体的参数设置要注意什么问题呢？
敬盼大家的回复！
autodock是可以用于虚拟筛选的，已经有文献发表。
不过进行虚拟筛选时，与其他分子对接软件不同，autodock需要配体的文件格式为pdbq。
nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子，可以直接用于autodock的对接。并且，nci-3d有相应的批处理程序。
我想你可以参考他们的批量转化方法。
在autodock 运行中，最占时间的是格点（grid）参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一个课题组发表了两篇文章，主要是以P450酶为靶点，对autodock的源代码进行修改，使不同原子类型的格点参数计算一次完成，然后，不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。
在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一个韩国课题组发表文章，利用autodock进行虚拟筛选，文章没有对格点计算方法进行详述，不过据我推想，他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。
jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时，他们还通过修改源代码，实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中（在原代码中，只能考虑水分子的氢键供体作用）。
上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本，通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能，这可能会使虚拟筛选时间大大延长。
在论他中曾经有他们写的这个脚本。
两篇jmc文章下载链接：
由于涉及到版权，修改的源代码最好亲自和作者要。
在两篇jmc中都有他们的email。
autodock需要配体的文件格式为pdbq
楼上的，NCI 3D 数据库是pdbq格式的，你可以直接拿来使用。
其实，pdbq是pdb格式的延伸，通过软件可以从mol2批量转化，把数据库中的mol2分子全部转化为pdbq格式。
在autodock中使用的是deftors命令，可以写一个脚本，在shell下用deftors对小分子批量处理。
比如下面的脚本，是上海药物所编写的：
#!/bin/sh
receptor=receptor.mol2
rec=${receptor%.mol2}
mol2topdbqs $receptor
for ligand in `cat mol2.list`
do
lig=${ligand%.mol2}
deftors $ligand <<EOF
1
c
c
EOF
#if(-z ${lig}.pdbq) then
# deftors $ligand <<EOF
# a
# 1
# c
# c
# EOF
#endif
#vi ${lig}.pdbq <<EOF
#:%s/ Br/ b /g
#:%s/ Cl/ c /g
#wq
#EOF
modhalogen ${lig%.mol2}.pdbq > temp_pdbq
mv temp_pdbq ${lig%.mol2}.pdbq