听过郭宗儒教授的关于骨架跃迁进行药物设计的报告，不知具体的研究步骤，有无战友提供相应的中英文参考材料?
又耳闻surflex-sim可以做这个工作，不知有无战友使用过，能否介绍一下，开拓一下自己的视野，提高自身的应用水平。
希望大家都来发言，讨论能够引发出许多新的思维和火花。。。
骨架跃迁--你说的可能是scaffold hopping 这个吧,呵呵
我接触过这个surflex-sim,但是实验室没有licence,其实这个东西的基本原理是利用分子的立体或者电荷氢键等的相似性做替换,如果你的替换的结果和原先结构有较大差别的话,那么就认为hopping了,有可能利用新的骨架进行新一轮的ligand优化,甚至新的药物的产生.
至于surflex-sim可以参考
Miteva, M. A.; Lee, W. H.; Montes, M. O.; Villoutreix, B. O. Fast structure-based virtual ligand screening combining FRED, DOCK, and Surflex. J Med Chem 2005, 48, 6012-6022.
Jain, A. N. Surflex: fully automatic flexible molecular docking using a molecular similarity-based search engine. J Med Chem 2003, 46, 499-511.
对，就是scaffold hopping，与电子等排等常规药化手段有何本质区别？目前有无成功的范例？
听说郭老师投了一篇综述在中国药物化学杂志，专题讲它，马上出版，期待中。。。
没人感兴趣？
这个软件还是挺不错的，还有一个叫topomer search的工具，比surflex-sim的速度还要快，都是sybyl中的模块，值得一试哦。
楼上的，如果我没猜错，你是卖sybyl模块的z某某吧，近来是不是一直在上海忙着？
又耳闻surflex-sim可以做这个工作，不知有无战友使用过，能否介绍一下，开拓一下自己的视野，提高自身的应用水平。
希望大家都来发言，讨论能够引发出许多新的思维和火花。。。
骨架跃迁--你说的可能是scaffold hopping 这个吧,呵呵
我接触过这个surflex-sim,但是实验室没有licence,其实这个东西的基本原理是利用分子的立体或者电荷氢键等的相似性做替换,如果你的替换的结果和原先结构有较大差别的话,那么就认为hopping了,有可能利用新的骨架进行新一轮的ligand优化,甚至新的药物的产生.
至于surflex-sim可以参考
Miteva, M. A.; Lee, W. H.; Montes, M. O.; Villoutreix, B. O. Fast structure-based virtual ligand screening combining FRED, DOCK, and Surflex. J Med Chem 2005, 48, 6012-6022.
Jain, A. N. Surflex: fully automatic flexible molecular docking using a molecular similarity-based search engine. J Med Chem 2003, 46, 499-511.
对，就是scaffold hopping，与电子等排等常规药化手段有何本质区别？目前有无成功的范例？
听说郭老师投了一篇综述在中国药物化学杂志，专题讲它，马上出版，期待中。。。
没人感兴趣？
这个软件还是挺不错的，还有一个叫topomer search的工具，比surflex-sim的速度还要快，都是sybyl中的模块，值得一试哦。
楼上的，如果我没猜错，你是卖sybyl模块的z某某吧，近来是不是一直在上海忙着？