各位用过Dock的大虾, 俺最近在使用DOCK 做对接时出现了下面的问题, 不知道如何解决,
一个是 在做柔性对接的时候 碰到一些小分子,会出现下边的提示:
ERROR: Could not complete growth.
Confirm grid box is large enough to contain
ligand and try increasing max_orients
因为不知道怎么解决, 所以用刚性对接重现跑了一个库,结果在对接另外一些小分子的时候 提示说 :
ERROR : memory exhausted!
Fox Unix plastforms increase the datasize, stacksize and memoryuse using the limit, ulimit or unlimit commands
1）ERROR : memory exhausted!
Fox Unix plastforms increase the datasize, stacksize and memoryuse using the limit, ulimit or unlimit commands
因为用DOCK6会是将整个数据库XX.mol2分子读到内存里，所以XX.mol2的大小不要大于内存。
你可以将你的数据分割后在试，先试试一个分子的情况
2）ERROR: Could not complete growth.
Confirm grid box is large enough to contain
ligand and try increasing max_orients
因为构象搜索是从anchor的orients开始，再进一步生长成完整分子。活性位点定义的太小，比如极端的情况，比晶体复合物中小分子还小，这样的话很显然是不适合的。即使活性位点的BOX够大，但是anchor的orients数量不够，没有包含合适的位置，则也会失败。你要先去试验你的条件是否合适，再进一步进行数据库对接。
xiaogk的指点.但是
我在 dock6 -i *.in -o *.out 的.in 文件中把 max_oritention 从500 到 1000 到 2000都试过了 都还是出同样的错误,:
ERROR: Could not complete growth.
Confirm grid box is large enough to contain
ligand and try increasing max_orients
另外, 活性位点定义的太小 这个情况, 我不太明白, 我怎么看活性位点是不是定义的太小呢? 我在生成活性位点的球的那一步 用了 Select spheres within 6 Ang of ligand 和 10 Ang of ligand 的选项: sphere_selector rec.sph lig.mol2 6.0(10.0) , 可是dock起来 还是同样的错误呢
你将球与受体，晶体复合物易的ligand一块看，先初步看球是否合适，不合适的话重新做。
看box和球好似没看出啥问题来 ,我贴几个图 你看下
上边这个是 生成的活性位点的球 , 这个是ligand和box
这个是ligand和球一起是的图片
你可以将PDB CODE的ID告诉我 我试试。你这个是肽 柔性键多 是最难的那种。
啊, xiaogk . PDB code是: 1G3J ,我做的时候去了 他的A chain 和B chain , A chain 是蛋白就是receptor, Bchain 是ligand, 开始做的时候因为 receptor太大,所以计算表面的时候 老出问题, 后来就取了 A chain的 370-375的氨基酸,其中K435-R469是文献里报道的蛋白的hot spot, ligand是个比较长的多肽, 我做的时候 取了B chain的 第 14-18个氨基酸, 其中D16是文献里报道最重要的一个.
我把测试用的个小分子drm.mol2 也发给你吧
dru.mol2 (4.6k)
我看了 这个B链很长，我不觉得适合用DOCK做。
切下其中一段后，也会是很难，象这种其实口袋不明显，大部分暴露在受体表面外处于受体外环境中的配体，用DOCK很难。
做分子表面很难，是因为你取了整个A链做表面，这样设计AA很多，sphgen会失效：因为有个atoms数上限。 其实你只要对你认为的活性活性口袋做就可以了。这样可以减少计算量。
用modeller等工具将链B补全缺失的氨基酸与侧链，研究A-B链间的相互作用模式，用这些结论去限制性的对接，这样成功的可能性会大大的提高。
xiaogk. 开始的时候是取了整个A链做表面,sphgen确实失效了,所以后来就只取了A链的一部分:370-572, 包含了文献里报道的hot spot: K435-R469,
原来的B链是很长, 但是文献里说了 跟A结合最重要的那个D16氨基酸正好位于预测的那个活性口袋, 那个沟还是很明显的.
很 xiaogk给的建议,可是 我不明白是啥意思
the discovery of druglike b-catinin inhibitors.pdf (263.15k)
我看了一下，D16氨基酸所在的口袋 开口很大，D16也是暴露在溶液中，我觉得用DOCK会很困难，同时，缺失的残基在这附近，我建议你要将他补全。
一个是 在做柔性对接的时候 碰到一些小分子,会出现下边的提示:
ERROR: Could not complete growth.
Confirm grid box is large enough to contain
ligand and try increasing max_orients
因为不知道怎么解决, 所以用刚性对接重现跑了一个库,结果在对接另外一些小分子的时候 提示说 :
ERROR : memory exhausted!
Fox Unix plastforms increase the datasize, stacksize and memoryuse using the limit, ulimit or unlimit commands
1）ERROR : memory exhausted!
Fox Unix plastforms increase the datasize, stacksize and memoryuse using the limit, ulimit or unlimit commands
因为用DOCK6会是将整个数据库XX.mol2分子读到内存里，所以XX.mol2的大小不要大于内存。
你可以将你的数据分割后在试，先试试一个分子的情况
2）ERROR: Could not complete growth.
Confirm grid box is large enough to contain
ligand and try increasing max_orients
因为构象搜索是从anchor的orients开始，再进一步生长成完整分子。活性位点定义的太小，比如极端的情况，比晶体复合物中小分子还小，这样的话很显然是不适合的。即使活性位点的BOX够大，但是anchor的orients数量不够，没有包含合适的位置，则也会失败。你要先去试验你的条件是否合适，再进一步进行数据库对接。
xiaogk的指点.但是
我在 dock6 -i *.in -o *.out 的.in 文件中把 max_oritention 从500 到 1000 到 2000都试过了 都还是出同样的错误,:
ERROR: Could not complete growth.
Confirm grid box is large enough to contain
ligand and try increasing max_orients
另外, 活性位点定义的太小 这个情况, 我不太明白, 我怎么看活性位点是不是定义的太小呢? 我在生成活性位点的球的那一步 用了 Select spheres within 6 Ang of ligand 和 10 Ang of ligand 的选项: sphere_selector rec.sph lig.mol2 6.0(10.0) , 可是dock起来 还是同样的错误呢
你将球与受体，晶体复合物易的ligand一块看，先初步看球是否合适，不合适的话重新做。
看box和球好似没看出啥问题来 ,我贴几个图 你看下
上边这个是 生成的活性位点的球 , 这个是ligand和box
这个是ligand和球一起是的图片
你可以将PDB CODE的ID告诉我 我试试。你这个是肽 柔性键多 是最难的那种。
啊, xiaogk . PDB code是: 1G3J ,我做的时候去了 他的A chain 和B chain , A chain 是蛋白就是receptor, Bchain 是ligand, 开始做的时候因为 receptor太大,所以计算表面的时候 老出问题, 后来就取了 A chain的 370-375的氨基酸,其中K435-R469是文献里报道的蛋白的hot spot, ligand是个比较长的多肽, 我做的时候 取了B chain的 第 14-18个氨基酸, 其中D16是文献里报道最重要的一个.
我把测试用的个小分子drm.mol2 也发给你吧
dru.mol2 (4.6k)
我看了 这个B链很长，我不觉得适合用DOCK做。
切下其中一段后，也会是很难，象这种其实口袋不明显，大部分暴露在受体表面外处于受体外环境中的配体，用DOCK很难。
做分子表面很难，是因为你取了整个A链做表面，这样设计AA很多，sphgen会失效：因为有个atoms数上限。 其实你只要对你认为的活性活性口袋做就可以了。这样可以减少计算量。
用modeller等工具将链B补全缺失的氨基酸与侧链，研究A-B链间的相互作用模式，用这些结论去限制性的对接，这样成功的可能性会大大的提高。
xiaogk. 开始的时候是取了整个A链做表面,sphgen确实失效了,所以后来就只取了A链的一部分:370-572, 包含了文献里报道的hot spot: K435-R469,
原来的B链是很长, 但是文献里说了 跟A结合最重要的那个D16氨基酸正好位于预测的那个活性口袋, 那个沟还是很明显的.
很 xiaogk给的建议,可是 我不明白是啥意思
the discovery of druglike b-catinin inhibitors.pdf (263.15k)
我看了一下，D16氨基酸所在的口袋 开口很大，D16也是暴露在溶液中，我觉得用DOCK会很困难，同时，缺失的残基在这附近，我建议你要将他补全。