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大分子对接软件HEX使用札记

时间: 2008-09-24 01:49:59 作者: 来源: 字号:
在前些日子发了一个AutoDock的使用札记
一时手痒,再次把HEX使用方法总结放在这里。如果大家支持,我会逐渐把自己的软件使用心得拿出来给大家共享的。

HEX是运行在各个平台的分子对接软件,主要用于考察大分子之间的相互作用,对学术用户免费。
下载:


分为如下几个版本:
windows
sgi
linux(rh9)
linux(fc4)

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HEX的安装
对于linux(fc4)版本安装,需要文件:
hex-4e-rt.tgz 数据文件,各个平台都需要
hex-4e-lnx-fc4.tgz 可执行文件,用于intel fc4平台。
对于readme中提到的hex_configure.bin文件,其实是调用上述两个文件,所以手动安装的情况下不需要该文件。
#cd /usr/local
#mkdir hex
#tar zxvf 路径/hex-4e-lnx-fc4.tgz 释放出exe目录,其中有两个可执行文件。
#tar zxvf 路径/hex-4e-rt.tgz 释放出其他目录。
#vi /etc/bashrc 编辑/etc/bashrc文件,添加如下信息:
export HEX_ROOT = /usr/local/hex # required
#export HEX_PDB= /home/dritchie/pdb
#export HEX_MACROS=
#export HEX_COLOUR=
#export HEX_DATA=
export HEX_CACHE= /tmp/hex_cache
export HEX_STARTUP= $HEX_ROOT/examples/startup.mac
export HEX_CPUS= 2
export HEX_MESSAGES= yes
export HEX_STEREO= yes
PATH = $PATH: $HEX_ROOT/bin
:wq 保存退出。
安装完毕。
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使用非常简单,图形界面,分别输入两个蛋白,然后运行就可以了。
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xiexie fenxiang
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