大家好 !我想在sybyl中抓一个Ramachandran图,我采用biopolymer中的Analyze protein 来做,得到的拉氏图都氏立体的,因为立体的图在写东西的时候不太方便,我想得到一个如下所示的图(平面的),不知具体如何操作,大家!
Ramachandran图见下面,具体是怎么由一个蛋白分子得到的呢,怎样操作呢?
用网上的东东好了,免费而且好用.网址在biocadd上有
网上的是在线的吗?还是要下载呢?
这两天想整理一些东西,这个图弄了好久也没有弄出来,希望大家不吝赐教!祝大家节日快乐!
你可以尝试procheck,一般irix,linux下好用,不过也有windows下的,见附件。该软件公开源代码,可网上查找。
Procheck_NT.part01.rar (273.44k)
第二部分
Procheck_NT.part02.rar (273.44k)
第3部分
Procheck_NT.part03.rar (152.38k)
效果示例
这只是10个分析结果中的一个。图可以是彩色的,这里提供灰度的。
(缩略图,点击图片链接看原图)
把蛋白pdb load上去一切搞定
得到了Ramachandran图后,怎么从图中得到分别有多少氨基酸在最佳区域,许可区域,勉强许可区,不允许区呢,这几个区域的百分数是怎么知道呢?怎样判断一个结果是合理的呢?
再次感谢大家的回帖和关注!
请仔细查看上图的文字注释
Ramachandran图见下面,具体是怎么由一个蛋白分子得到的呢,怎样操作呢?
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这两天想整理一些东西,这个图弄了好久也没有弄出来,希望大家不吝赐教!祝大家节日快乐!
你可以尝试procheck,一般irix,linux下好用,不过也有windows下的,见附件。该软件公开源代码,可网上查找。
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这只是10个分析结果中的一个。图可以是彩色的,这里提供灰度的。
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得到了Ramachandran图后,怎么从图中得到分别有多少氨基酸在最佳区域,许可区域,勉强许可区,不允许区呢,这几个区域的百分数是怎么知道呢?怎样判断一个结果是合理的呢?
再次感谢大家的回帖和关注!
请仔细查看上图的文字注释