把受体和我关心的小分子分别使用ICM和glide进行对接，分别给出了score，如，ICM的score为-44.3，glide的score和Gscore为-7.10，请教兄弟们，是否可以说明我关心的小分子可以与受体结合，并是较好的结合，是否可以使用这个结果来指导我进行合成和生物活性的测试？
前提不对 打分值一点用都没有
"前提不对“是什么意思，是不是你认为Dock过程有问题，那么还要注意什么呢？
对接不对，打分没有用。经常发生：分子大小不一样，打分值也不一样。比如，诱饵分子(decoy)明显体积要大于binder,诱饵分子的得分经常比配体要更佳，这个时候，打分函数的得分不值得信任。
(1) Kuntz, I. D.; Chen, K.; Sharp, K. A.; Kollman, P. A. The maximal affinity of ligands. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9997-10002.
(2) Pan, Y.; Huang, N.; Cho, S.; MacKerell, A. D., Jr. Consideration of molecular weight during compound selection in virtual target-based database screening. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43, 267-272.
(3) Velec, H. F.; Gohlke, H.; Klebe, G. DrugScore(CSD)-knowledge based scoring function derived from small molecule crystal data with superior recognition rate of near-native ligand poses and better affinity prediction. J. Med. Chem. 2005, 48, 6296-6303.
(4) Verdonk, M. L.; Berdini, V.; Hartshorn, M. J.; Mooij, W. T.; Murray, C. W.; et al. Virtual screening using protein-ligand docking: Avoiding artificial enrichment. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44,793-806.
，在进行对接时，采用的受体结构是从PDB来的receptor-ligand complex，binding site也相同，小分子对接后，得到了conformation / pose，及各种能量，和score，如果这种结果不能说明问题，是不是可能随意选择的小分子（应该不与受体结合）也能有较好的结合，那么这些程序怎么运用并指导药物发现过程？
打分容易出现假阳性,但是可以有效地缩小范围( 打分值太差的基本上可以排除)
对于打分高的分子,需要结合其它性质进行综合考虑,比如分子体积,结合模式等,很大程度上取决于经验,以及对所研究体系的理解.
你好
我是刚学molsoft软件
请问在哪里可以看到dock后的score啊
是不是软件会产生一个answer文件啊？
就跟做生物实验一样，要设置阳性对照（晶体复合物结构）和阴性对照。如果你能重复出来晶体复合物结构的话，就证明你的方法可以用于筛选未知化合物。否则要么调参数，要么换方法，打分函数虽然不是一点用都没有，但是不是那么可靠。
的glide和icm是正版么？据我所知国内现在只有几个老师有正版的glide。icm则好象都是D的
你好
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请问在哪里可以看到dock后的score啊
是不是软件会产生一个answer文件啊？
前提不对 打分值一点用都没有
"前提不对“是什么意思，是不是你认为Dock过程有问题，那么还要注意什么呢？
对接不对，打分没有用。经常发生：分子大小不一样，打分值也不一样。比如，诱饵分子(decoy)明显体积要大于binder,诱饵分子的得分经常比配体要更佳，这个时候，打分函数的得分不值得信任。
(1) Kuntz, I. D.; Chen, K.; Sharp, K. A.; Kollman, P. A. The maximal affinity of ligands. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9997-10002.
(2) Pan, Y.; Huang, N.; Cho, S.; MacKerell, A. D., Jr. Consideration of molecular weight during compound selection in virtual target-based database screening. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43, 267-272.
(3) Velec, H. F.; Gohlke, H.; Klebe, G. DrugScore(CSD)-knowledge based scoring function derived from small molecule crystal data with superior recognition rate of near-native ligand poses and better affinity prediction. J. Med. Chem. 2005, 48, 6296-6303.
(4) Verdonk, M. L.; Berdini, V.; Hartshorn, M. J.; Mooij, W. T.; Murray, C. W.; et al. Virtual screening using protein-ligand docking: Avoiding artificial enrichment. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44,793-806.
，在进行对接时，采用的受体结构是从PDB来的receptor-ligand complex，binding site也相同，小分子对接后，得到了conformation / pose，及各种能量，和score，如果这种结果不能说明问题，是不是可能随意选择的小分子（应该不与受体结合）也能有较好的结合，那么这些程序怎么运用并指导药物发现过程？
打分容易出现假阳性,但是可以有效地缩小范围( 打分值太差的基本上可以排除)
对于打分高的分子,需要结合其它性质进行综合考虑,比如分子体积,结合模式等,很大程度上取决于经验,以及对所研究体系的理解.
你好
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请问在哪里可以看到dock后的score啊
是不是软件会产生一个answer文件啊？
就跟做生物实验一样，要设置阳性对照（晶体复合物结构）和阴性对照。如果你能重复出来晶体复合物结构的话，就证明你的方法可以用于筛选未知化合物。否则要么调参数，要么换方法，打分函数虽然不是一点用都没有，但是不是那么可靠。
的glide和icm是正版么？据我所知国内现在只有几个老师有正版的glide。icm则好象都是D的
你好
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请问在哪里可以看到dock后的score啊
是不是软件会产生一个answer文件啊？